Вообще-то, инквизиция еретиков не казнила. Она их находила, убеждала признать свои заблуждения и грехи (если грешники упорствовали, то применялись пытки), а затем приговаривала к тому или иному виду наказания. После чего их передавали для исполнения приговора светским властям. Тех, кто признался, как правило, удавливали, а затем тело привязывали к столбу и сжигали. Тех, кто «закоснел в грехе», то есть не признался в своей связи с дьяволом, сжигали живьем.
Инквизиция очень не любила признавать свои ошибки, за несколько веков было только несколько случаев.
Например, 7 ноября 1455 года началась реабилитация Жанны д’Арк, казненной в 1431 году по приговору инквизиции за связь с дьяволом. Девушке повезло, ее довольно быстро, хотя и посмертно, признали невиновной. 
Кроме нее еще во время существования инквизиции был прощен ранее казненный Джироламо Мария Франческо Маттео Савонарола. Этого религиозного деятеля казнили 23 мая 1498 года. Но уже в следующем веке Римский Папа Павел IV объявил его невиновным, его казнь — ошибкой, а учение Савонаролы было оправдано церковью.
Остальным казненным еретикам и ведьмам повезло намного меньше…
За время существования инквизиции были уничтожены многие сотни тысяч людей — взрослых мужчин и женщин, детей обоего пола… Понятно, что колдунов или ведьм на самом деле среди них не было — все они были невиновны, но почти все оговорили себя под пытками.
Прошло время, ведьм и колдунов казнить перестали (последняя казнь ведьмы произошла в Швейцарии в 1782 году). Прошло еще два века — и Папа Римский признал вину католической церкви за злодеяния Средних веков (в том числе и таких как «убивайте всех, Господь на том свете отличит своих»). Начались реабилитации.
Папа Иоанн Павел II извинился за уничтоженных во время инквизиции европейцев и даже попросил прощения у казненных конкистадорами индейцев (несть им числа…). Казни индейцев времен Конкисты даже назвали «грубыми ошибками».
Нет, Джодано Бруно, сожженного на костре в 1600 году в Риме, никто реабилитировать не собирается, уж больно вольнодумен был казненный еретик. В 2000 году (на 400-летие казни) кардинал Анджело Содано назвал конкретно это аутодафе «печальным эпизодом», однако сказал, что инквизиторы действовали строго по правилам, церковь тогда не могла реагировать иначе, хотя для спасения жизни еретика было сделано все возможное.
Других бывших врагов веры постепенно стали признавать невиновными. Пока — только самых знаменитых. Кого?
Римский Папа Иоанн Павел в 1992 году публично извинился перед покойным Галилео Галилеем, назвав решение церкви по его делу «ошибкой».
Католическая церковь планирует произвести реабилитацию Яна Гуса и Мартина Лютера. Об этом уже говорят в Ватикане. Возможно, лет через 50−100 их и в самом деле реабилитируют.
В последнее время в СМИ появились статьи, согласно которым инквизиция вовсе не была такой уж страшной, она оболгана, за 400 лет действия святой инквизиции с 1300 по 1700 год было казнено всего лишь около 23.000 человек по всей Европе! Все-таки статистика — она такая статистика!
В Новом Свете, в Африке были казнены многие тысячи туземцев. Во время лютеранских восстаний во Фландрии испанцами было казнено много десятков тысяч лютеран-фламандцев, однако, похоже, в статистику это не входит. Тем более что по Фландрии инквизицией было вынесено общее решение: 16 февраля 1568 года всем ее жителям был вынесен смертный приговор. Но кажется, «это другое». Приговор-то был один!
Наверное, самое плохое в инквизиции было то, что этот орган карал за любое минимальное инакомыслие. Мало того, что по разным доносам, часто основанным на зависти к более удачливому или более богатому соседу — церковь почти половину тысячелетия пыталась остановить человеческое стремление к знанию и анализу, мешала развитию наук.
Отношение современной католической церкви к инквизиции — общее согласие с ее деятельностью, с признанием «отдельных перегибов на местах». А в мире мнения верующих и неверующих разнятся. Верующие сожалеют о тех «перегибах», о которых сказал Папа. А неверующие (или маловерующие) резко осуждают пытки, казни и борьбу с инакомыслием.
Джордано Бруно в Риме, на площади Цветов, где происходило аутодафе, поставили памятник, причем еще в 1889 году. К настоящему времени, например, более чем в 50 городах Германии, включая Кельн и Лейпциг, уже составили списки казненных и установили в их честь мемориальные доски и памятники. В некоторых местах в честь жертв переименованы улицы.
